
Les premières expéditions naturalistes vouées à la description scientifique du monde vivant remontent au milieu du XVIIIe siècle. Près de deux cent cinquante ans plus tard, au milieu des années 70, les biologistes pensaient avoir réalisé la moitié de l'inventaire des espèces animales et végétales peuplant la planète. Optimistes, ils imaginaient toucher au but et obtenir, dans un délai raisonnable, un catalogue exhaustif du monde vivant. Un espoir que les années 80 allaient réduire à néant... La mise au point de nouvelles méthodes d'échantillonnage de la petite faune conduisirent en effet à une réévaluation brutale des pronostics. Et à la création d'un nouveau mot, en 1986, suite au premier forum américain sur la diversité biologique : biodiversité. Un terme qui fit le tour du monde, même si le concept qu'il désigne reste difficile à définir. Selon Edward O. Wilson, dont les écrits furent parmi les premiers à mentionner le mot biodiversité, il s'agit de la diversité de toutes les formes du vivant à trois niveaux : les écosystèmes, les espèces qui composent ces écosystèmes, et enfin les gènes caractéristiques de chaque espèce.
Aujourd'hui contrairement aux cinq crises, celle-ci ne résulte pas de catastrophes naturelles. Elle est le fait d'une seule espèce : Homo sapiens, « l'homme sage ».
Le Millenium Ecosystem Assessment L’Évaluation des Écosystèmes pour le Millénaire, commandée par les Nations-Unies, a été réalisée entre 2001 et 2005 pour évaluer les conséquences de l’état des écosystèmes sur le bien-être de l’Humanité, afin de renforcer la capacité à les gérer durablement. Les conclusions de ce travail transdisciplinaire (anthropologues, écologues, biologistes, économistes), sont très pessimistes. Même si une amélioration du bien être des hommes est observée dans beaucoup de régions du monde, environ 60 % des services fournis par les écosystèmes sont dégradés ou surexploités. Les effets négatifs de cette dégradation risquent de s’aggraver de façon significative dans les 50 ans qui viennent., un rapport publié en 2005, montre lors des 50 dernières années, l'être humain a davantage transformé son environnement qu'au cours de toute son histoire. Avec pour conséquence une perte de biodiversité aboutissant à une dégradation des nombreux services écologiques services écologiques : services fournis par les écosystèmes et qui permettent la vie sur terre (par ex. la fourniture d’eau douce, les stocks de pêche, la régulation de l’air et de l’eau, la régulation des climats régionaux, des risques naturels et des parasites).rendus par les écosystèmes : approvisionnement en nourriture (pêche, agriculture...), en eau douce, maintient des sols, pollinisation, régulation du climat etc. Cette tendance est en passe de s'accentuer fortement au cours du XXIe siècle, ce qui risque d'augmenter encore la pauvreté et la famine pour la majeure partie de l'humanité qui, pour subsister, se verra dans la nécessité d'accroître la pression sur son environnement, aggravant ainsi la perte de biodiversité par effet d'emballement.
Comment briser ce cercle vicieux ? Il n'existe pas de réponse simple, mais un point de départ est très certainement de mieux connaître et comprendre la composition et le fonctionnement des écosystèmes qui nous entourent, afin de mieux les préserver et continuer de bénéficier des services écosystémiques. Une tâche titanesque, compliquée par l'urgence et par le « handicap taxonomique ». Derrière cette expression forgée par les membres de la Convention sur la Diversité Biologique se cache une difficulté supplémentaire : la biodiversité la plus importante et la plus menacée se trouve dans des pays, ne possédant ni les moyens budgétaires ni les infrastructures pour l'étudier, et souffrant donc d'un déficit de connaissances pour la conserver. Pour des raisons historiques, économiques et biologiques les écosystèmes des pays riches sont mieux connus. Toutefois, bien que bénéficiant de conditions plus favorables, ils font eux-aussi face à un handicap taxonomique important, à savoir le manque d'accès à l'information, manque de moyens humains et financiers et la perte d'expertise liée au vieillissement de la population de spécialistes...
Malgré cette situation difficile, les scientifiques continuent de décrire de nouvelles espèces, au rythme d'environ 16000 par an, en moyenne. Si l'inventaire de groupes tels que les oiseaux ou les grands mammifères est plus ou moins complet, ce n'est pas le cas des mollusques et des insectes qui représenteraient à eux seuls un total de plus de 8 millions d'espèces, dont seulement 1 million a été décrit jusqu'à ce jour. Et si l'on descend encore quelques barreaux sur l'échelle des tailles, jusqu'à atteindre les dimensions des micro-organismes (eucaryotes unicellulaires, bactéries, archées, virus), les chiffres deviennent vertigineux. Sans compter qu'il reste encore beaucoup de milieux très peu étudiés, car difficiles d'accès ou trop récemment découverts, tels les sources hydrothermalesLes sources hydrothermales sont des zones de fortes activités volcaniques sous-marines, se formant au niveau des dorsales océaniques (-500 à -4000 m). Leur découvertes à la fin années 70 a bouleversé la biologie : véritables oasis de vie au fond des océans, elle abrite une riche biodiversité basé sur une production primaire assurée non plus par des organismes photosynthétiques tirant leur énergie du soleil comme sur terre (plantes) mais par des bactéries chimiosynthétiques qui tirent leur énergie du sulfure d’hydrogène rejeté par les sources hydrothermales., les suintements froidsDécouverts au milieu des années 80 sur certaines marges continentales, les suintements froids correspondent à des résurgences naturelles de gaz et d'hydrocarbures, suintant sortant par diffusion au travers des sédiments. Comme dans le cas des sources hydrothermales, des bactéries chimiosynthétiques les producteurs primaires à la base de ces écosystèmes, qui abritent une faune que l'on ne rencontre nulle part ailleurs sur une surface très restreinte., les abysses Grands fonds sous-marins situés en moyenne entre 4000 et 6000 mètres de profondeur, composés de la plaine abyssale traversée par les dorsales océaniques et prolongée par des fosses encore plus profondes (la fosse des Mariannes dans le Pacifique atteint 11 000 m de profondeur). Les abysses couvrent 307 millions de kilomètres carrés, soit les deux tiers de la surface du globe. où règnent le froid, l'obscurité, le manque d’oxygène et des très hautes pressions. Cependant, c’est une zone très riche en espèces, souvent aux formes étranges, adaptées aux conditions extrêmes. Leur nombre est estimé à plusieurs dizaines de milliers.ou les canopéesFrondaison formée par les plus hautes branches et le feuillage de la partie supérieure cime des arbres d'une forêt (3-12 m). La canopée abrite d’innombrables espèces,animales, notamment de coléoptères....
Au rythme actuel, il faudrait entre 250 et 1000 ans pour réaliser un inventaire complet de la biodiversité. Partant de ce constat, et du fait de l’érosion accélérée de la biodiversité au niveau global, le monde scientifique, associatif et politique a dû se rendre à l'évidence : impossible d'attendre la fin de l'inventaire pour prendre des mesures de protection.
Cependant, étant donné qu'il ne sera pas possible, avec les moyens actuels, de sauver tous les espèces, il faudra donc faire des choix. Mais que préserver ? Les 200 éco-régions mondiales du World Wildlife Fund (WWF), les 218 endemic birds areas (aire d'oiseaux endémiques) de Birdlife International, les 34 hotspots de Conservation International ? Chaque ONG de conservation a en effet sa propre vision des priorités en termes de zones à protéger, qui diffèrent selon les critères d'évaluation. Ces régions partagent cependant certaines caractéristiques (niveau de biodiversité élevé, grand nombre d'espèces endémiques etc.) et souvent leurs frontières se chevauchent. Ainsi, les hotspots de biodiversité recouvrent 60% de la surface des 200 éco-régions mondiales du WWF et 78% de la surface des endemic birds areas. Toutefois, même en se contentant des régions qui font consensus, les surfaces à inventorier restent immenses. Or cette étape d'inventaire est incontournable. En effet, seule l'expérience du terrain permet de confronter les théories à la réalité et d'en éprouver la pertinence. Mais, aucune ligne de démarcation ne délimiteles frontières d'un hotspot.
Accomplir des inventaires d'une telle ampleur oblige donc les scientifiques à inventer de nouvelles méthodes. Par exemples, passer de l'échelle du collecteur individuel à celle du réseau, constituer des bases de données accessibles partout sur la planète via internet, raccourcir les délais de traitement de l'information et sa mise à disposition pour les politiques, à l'origine des projets de conservation.
